VIII. yüzyılda Başkurtlar, İdil ve Güney Ural bölgesinde yaşıyorlardı. Bu yüzyılda, Türk kökenli olan Başkurt Türkleri Bulgarların doğu komşularıydılar. VIII.-IX. yüzyıllarda, Ural’ın güneyi ile Batı Sibirya’yı içine alan geniş bir sahaya yayılan Başkurt Türkleri, burada Fin-Ugor halklarıyla temasta bulunmuşlardır (Kurat 1965: 99; 1992: 113). IX. yüzyılda bugün hâlâ yaşamakta oldukları Volga, Kama, Tobol ve Ural nehirleri arasında bulunan sahaya yerleşmişlerdir. X.-XIII. yüzyıllar arasında Volga-Kama Bulgarlarının etkisi altında kalan, daha sonra 1236 yılında Moğollar tarafından Altın Ordu’ya bağlanan Başkurtlara, Moğol hâkimiyeti süresince bazı Bulgar, Kıpçak ve Moğol kabileleri katılmıştır (Demir 2002: 73).

XI. yüzyıla kadar Şamanist olan Başkurt Türkleri, Moğol hâkimiyetinden önce İslamiyet’i kabul etmeye başlamışlardır. Ancak 14. yüzyılın ilk yarısında Özbek Han (1313-1340) zamanında İslamiyet’i tam olarak kabul etmişlerdir (Demir 2002: 73). Altın Ordu devletinin 1481’de dağılmasından sonra, Başkurt Türkleri bu devletin mirasçıları arasında paylaştırılmış ve İdil, Kama nehirlerinin doğusunda yaşayan Başkurt Türkleri Şıbanoğulları (Sibirya Tura Hanlığı)’nın; İdil nehrinin batısında yaşayanlar da Kazan Hanlığı’nın hâkimiyetine verilmiştir. Güney ve güneydoğudaki Başkurtlar ise Nogay Mirzalarının hâkimiyeti altına girmiştir (Saray 1992: 130). Kısa süre sonra Şiban Tura Hanlığı, bütün Başkurt Türklerini hâkimiyeti altına almış ve XV. ve XVI. yüzyıllarda Başkurt ülkesini idare etmişlerdir (Togan 1993: 330). Altın Ordu devletinin dağılmasından sonra, Başkurt Türkleri her ne kadar bazı hanlıklara bağlı kalmışlarsa da kendilerinin düzenledikleri ve “yıyın” adını verdikleri kurultayda seçtikleri bir başbuğ ve on iki bey tarafından idare edilmişlerdir (İnan 1987: 384).

1552’de Kazan, 1556’da Astrahan’ın Ruslar tarafından işgal edilmesinden sonra Kazan Hanlığı ile işbirliği içinde olan Başkurtlar da Rusların saldırılarına uğramışlar ve 1557’de Başkurtlar Rus hâkimiyetine girmişlerdir. 1574’te de bugün hâlâ başkent olan Ufa şehri inşa edilmiştir (Kurat 1993: 225). Başkurtlar, Rusların topraklarını işgal etmelerinin üzerine zaman zaman ayaklanmışlardır. Rus karakollarına yapılan küçük çaplı baskınlar ve çete savaşları şeklinde başlayan mücadele, daha sonra ciddi bir mücadeleye dönüşmüştür. Başkurtlar, 1664’te Seyyid Batır önderliğinde ayaklanmışlardır. Bu ayaklanma, tarihte “Seyid Ayaklaması” olarak geçer. Üç yıl devam eden bu ayaklanmayı bastırmak için Ruslar çok uğraşmışlardır. Ayrıca, Başkurtlar 1662-1665 yılları arasında Köçüm Han’ın oğulları tarafından idare edilen Rus karşıtı savaşlarda da büyük gayret göstermişlerdir. Bu yıllarda, Başkurtlar Ruslara karşı her fırsatta isyanlar çıkarmışlardır. 1707’de I. Petro zamanında büyük bir ayaklanma çıkaran Başkurtlar başarısız olunca, 1709 yılında tekrar ayaklanmışlardır (Taymas 1988: 60-62).

Başkurtlar, XVIII. yüzyılı ayaklanmalarla geçirmişlerdir. 1755 ve 1774’teki ayaklanmalar, Rusların lehine sonuçlanmış ve birçok Başkurt hayatını kaybetmiştir (Taymas 1988: 73-79; Özkan 1994: 10). 1905 Rus ihtilalinde, çok fazla rolleri olmayan ve ihtilalin sonuçlarından fazla etkilenmeyen Başkurtlar, 1917 İhtilalinden fazlasıyla etkilenmişlerdir. Bu ihtilal, Başkurtların uzun süredir hayalini kurdukları “ulusal devlet” düşüncelerini gerçekleştirmelerine imkân sağlamıştır. 1917 Temmuz- Ağustos aylarında Orenburg ve Ufa’da toplanan iki Başkurt Kurultayı, Başkurt Bölgesel Şurasını (Oblastnoye Shuro) seçmiştir. Bu şura, bağımsız bir cumhuriyetin kurulmasına karar vermiştir. Bütün bu çalışmaların ideolojik ve siyasi lideri Ahmet Zeki Velidi (Togan) olmuştur. 1917 ihtilalinden sonra, bu Başkurt şurası, Orenburg, Ufa, Samara, Perm gibi bölgelerin bağımsız birer eyalet olduklarını ve Başkurt Cumhuriyetine bağlandıklarını açıklamıştır. Bu karar, 17 Kasım 1917’de her yerde duyulmuş ve 22 Kasım 1917 tarihli Pravda gazetesinde haber olarak yayımlanmıştır. 8 Aralık 1917’de Başkurt Seçmen Kurultayı Orenburg’da gerçekleştirilmiş ve millî bir ordu ile Başkurdistan cumhuriyetinin kurulmasına karar verilmiştir. 23 Mart 1919’da, kurulan cumhuriyetler arasında, Moskova ile iki taraflı güç paylaşımına dayanarak kurulan tek cumhuriyet Başkurdistan cumhuriyeti olmuştur. Bir yıl sonra, 1920’de Rusya Merkezî İcra Komitesi Başkurdistan’ın siyasi muhtariyetinin fiilen ortadan kalktığını bildirmiş; bunun üzerine Zeki Velidî de ülkesinden ayrılmak zorunda kalmıştır. Temmuz 1920’de Bolşevikler, Başkurtların mutlak azınlıkta olduğu yeni Başkurt yönetimini kurmuşlardır (Öner 1994: 67; Ilıshev 2002: 65). Yeni kurulan cumhuriyetin başkenti Ufa olmuştur. Başkurt Muhtar Cumhuriyeti’nin oluşumu, 1917 yılından başlayarak 1934 yılına kadar geçen süre içinde tamamlanmıştır (Tokatlı 2002: 85).

1990 yılına gelindiğinde Başkurdistan’da Meclis Başkanlığı ve daha sonra Başkanlık için sıkı çekişmelerin yaşandığı bir seçim yapılmıştır. Bu seçimde, Başkurdistan Yüksek Şurası çok partili sisteme dayanan yeni bir meclis oluşturmuş ve bu seçim sonrasında, Murtaza Rahimov iktidara gelmiştir. 1990’da Sovyetler Birliği’nin çöküşü, birçok demokratik reformların başlamasına neden olmuştur. 1992’de, Rusya’nın Tataristan ve Çeçenistan dışındaki bütün eski otonom cumhuriyetleri, Moskova’da Federal Anlaşma imzalamışlardır. Murtaza Rahimov, bu anlaşmayı, Rusya’nın otonomi ve geniş çaplı birçok yetki tanıması şartıyla imzalamıştır. Bu şartlar, Federal Anlaşmaya özel bir ek ile onaylanarak Boris Yeltsin ve Murtaza Rahimov tarafından imzalanmıştır. 11 Mayıs 2000’de, Rusya başkanı Vladimir Putin, Başkurdistan Devlet meclisi sözcüsü Konstantin Tolkaçev’e gönderdiği mektupta parlamentonun Cumhuriyet anayasası ve federal kanunlar ile uyumlu hâle getirilmesini önermiştir. 3 Kasım 2000’de Başkurdistan Devlet Meclisi “Başkurdistan Cumhuriyet Anayasasında Tadilata Giriş” başlıklı bir kanun çıkarmıştır. Bu kanun, anayasada yapılan yüzden fazla değişikliğin ilânını kararlaştırmıştır (Ilıshev 2002: 69).

Başkurdistan bugün hâlâ Rusya Federasyonu içinde federe bir cumhuriyettir